Những doanh nghiệp doanh nghiệp thành lập trước khi Nghị định 43/2010/NĐ-CP có hiệu lực, đã được cấp Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh và Giấy chứng nhận đăng ký thuế riêng biệt, dấu pháp nhân được cấp thể hiện số Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh.
Sau khi nghị định 43/2010/NĐ-CP có hiệu lực, các doanh nghiệp được cấp Mã số doanh nghiệp cũng chính là mã số thuế, dấu pháp nhân thể hiện Mã số doanh nghiệp này.
Từ thời điểm này, các doanh nghiệp thành lập trước khi có hiệu lực của nghị định 43/2010/NĐ-CP, nếu có sự thay đổi Đăng ký kinh doanh, sẽ phải làm thủ tục gộp số Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh và số Giấy chứng nhận Đăng ký thuế làm một, đồng thời đổi dấu pháp nhân
Nghị định 05/2013/NĐ-CP ra đời thay thế Nghị định 43/2010/NĐ-CP và và thông tư 01/2013/TT-BKHDT hướng dẫn nghị định này cũng có quy định tương tự, đồng thời có quy định về việc cấp đổi sang Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp:
“Những doanh nghiệp đã được cấp Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh hoặc Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh và đăng ký thuế trước ngày Nghị định số 43/2010/NĐ-CP có hiệu lực thi hành và những doanh nghiệp đã được Ban Quản lý các khu kinh tế, khu công nghiệp, khu chế xuất cấp Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh không bắt buộc phải thực hiện thủ tục đổi sang Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp và sẽ được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp khi đăng ký thay đổi nội dung đăng ký doanh nghiệp.
2. Trường hợp doanh nghiệp có nhu cầu đổi Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh hoặc Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh và đăng ký thuế sang Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp nhưng không thay đổi nội dung đăng ký kinh doanh và đăng ký thuế, doanh nghiệp có thể nộp Giấy đề nghị cấp đổi theo mẫu quy định tại Phụ lục II-13 ban hành kèm theo Thông tư này kèm theo bản gốc Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh và Giấy chứng nhận đăng ký thuế; hoặc Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh và đăng ký thuế để được Phòng Đăng ký kinh doanh cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp trong thời hạn 02 ngày làm việc.”
Như vậy, những doanh nghiệp không thay đổi nội dung đăng ký kinh doanh, mà chỉ cấp đổi sang Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp, có thể làm thông báo lên Sở Kế hoạch Đầu tư để được cấp đổi. Sau khi hoàn tất thủ tục thay đổi trên Sở Kế hoạch và Đầu tư, doanh nghiệp phải làm thủ tục cấp đổi dấu pháp nhân của công ty.