Theo hướng dẫn của Tổng cục Thuế, cụ thể là theo công văn số 2206/TCT-CS ngày 04/06/2018 hướng dẫn Cục Thuế TP Hồ Chí Minh về chính sách thuế giá trị gia tăng khi công ty thực hiện thủ tục chuyển đổi loại hình doanh nghiệp được hướng dẫn như sau:
Theo đó, trường hợp công ty thực hiện chuyển đổi từ loại hình công ty TNHH hai thành viên sang loại hình công ty cổ phần theo đúng quy định về chuyển đổi loại hình doanh nghiệp quy định tại Luật doanh nghiệp số 68/2014/QH13 mà bên tiếp nhận kế thừa toàn bộ nghĩa vụ về thuế của doanh nghiệp trước khi chuyển đổi (mã số thuế của doanh nghiệp không đổi), khi chuyển đổi sở hữu nếu có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết thì được chuyển sang khấu trừ kỳ sau, hoặc được giải quyết hoàn thuế theo quy định.
Trường hợp trước khi chuyển đổi loại hình doanh nghiệp công ty có số thuế giá trị gia tăng chưa được khấu trừ hết thuộc trường hợp không được hoàn theo quy định tại Luật số 106/2016/QH13, Nghị định 100/2016/NĐ-CP và Thông tư số 130/2016/TT-BTC thì sau khi chuyển đổi, công ty chuyển đổi (kế thừa toàn bộ nghĩa vụ về thuế của doanh nghiệp trước khi chuyển đổi) được tiếp tục kê khai khấu trừ, không được hoàn.
Do đó, khi công ty thực hiện chuyển đổi loại hình doanh nghiệp cần lưu ý hướng dẫn nêu trên để cân nhắc việc chuyển đổi loại hình doanh nghiệp trước khi thực hiện thủ tục hoàn thuế giá trị gia tăng.
