Thông tư 94/2026/TT-BTC quy định về quản lý tuân thủ, quản lý rủi ro trong quản lý thuế (hiệu lực từ 01/7/2026)

Từ ngày 01/07/2026, việc đánh giá rủi ro và phân loại mức độ tuân thủ của người nộp thuế sẽ chính thức bước sang một giai đoạn kiểm soát chặt chẽ mới. Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư 94/2026/TT-BTC quy định chi tiết về quản lý tuân thủ và quản lý rủi ro thuế.

Việc không nắm bắt kịp thời các tiêu chí này có thể đưa doanh nghiệp vào “danh sách đen” thanh tra, kiểm tra của cơ quan thuế. Vậy Thông tư 94/2026/TT-BTC có những điểm mới nào? Cùng Luật Việt An phân tích chi tiết cách thức cơ quan thuế đánh giá rủi ro và những lưu ý để doanh nghiệp duy trì trạng thái tuân thủ an toàn nhất trong bài viết dưới đây.

Tổng quan về Thông tư 94/2026/TT-BTC quy định về quản lý tuân thủ, quản lý rủi ro trong quản lý thuế

Các điểm mới đột phá của Thông tư 94/2026/TT-BTC

Mở rộng phạm vi bổ sung “Quản lý tuân thủ” tại Thông tư 94/2026/TT-BTC

Căn cứ pháp lý cho điểm mới về việc mở rộng phạm vi và chuyển đổi mô hình quản lý được quy định tại Phạm vi điều chỉnh (Điều 3) và các quy định chung của Thông tư 94/2026/TT-BTC (thay thế cho Thông tư 31/2021/TT-BTC).

• Nếu như Thông tư cũ (Thông tư 31/2021/TT-BTC) chỉ khu trú phạm vi hoàn toàn vào công tác “quản lý rủi ro” nghiệp vụ thuế, thì Thông tư mới đã chính thức đưa “quản lý tuân thủ” vào ngay tên gọi và phạm vi điều chỉnh. Điều này tạo hành lang pháp lý để cơ quan thuế vừa thực hiện đo lường rủi ro, vừa đánh giá mức độ chấp hành pháp luật của người nộp thuế.
• Sự điều chỉnh này đánh dấu bước chuyển mình mang tính chiến lược của ngành thuế – chuyển dịch từ mô hình “kiểm soát, thanh tra hậu kiểm” sang mô hình “quản trị rủi ro kết hợp đồng hành và hỗ trợ tuân thủ”.

Rút gọn phân loại cấp độ rủi ro thuế chỉ còn 03 mức (Điều 13)

• Quy định cũ phân loại rủi ro dàn trải thành 5 cấp độ (bao gồm rủi ro rất cao, cao, trung bình, thấp, và rất thấp)
• Trong khi đó, Theo Điều 13 Thông tư 94/2026/TT-BTC, mức độ rủi ro của người nộp thuế được rút gọn xuống chỉ còn 03 mức: Rủi ro cao, Rủi ro trung bình, và Rủi ro thấp.
• Việc tinh giản này giúp đơn giản hóa khung phân loại và thuận tiện hơn rất nhiều cho việc áp dụng tự động hóa trên hệ thống của cơ quan thuế. Dựa vào 3 mức này, cơ quan thuế sẽ phân luồng quản lý; ví dụ nhóm rủi ro cao sẽ bị áp dụng kiểm tra tại trụ sở, bị từ chối đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử hoặc ngừng sử dụng hóa đơn điện tử

Chuẩn hóa 04 mức độ đánh giá tuân thủ pháp luật thuế (Điều 10)

Căn cứ theo Điều 10 Thông tư 94/2026/TT-BTC, kết quả đánh giá, phân loại mức độ tuân thủ của doanh nghiệp/người nộp thuế được quy định rõ ràng thành 4 mức:

• Mức 1: Tuân thủ tốt
• Mức 2: Tuân thủ trung bình
• Mức 3: Tuân thủ thấp
• Mức 4: Không tuân thủ

Đối với các trường hợp được phân loại vào các mức tuân thủ tốt, trung bình và thấp, cơ quan thuế sẽ áp dụng các biện pháp nhằm nâng cao tính tuân thủ pháp luật thuế cho doanh nghiệp trong các kỳ tiếp theo.

Bổ sung nguồn dữ liệu và tiêu chí “Kinh tế số” (Điều 6)

• Quy định cũ: Thông tư 31/2021/TT-BTC chủ yếu đánh giá rủi ro dựa vào các nguồn dữ liệu truyền thống như: thông tin đăng ký kinh doanh, nợ thuế, thông tin về nộp thuế, ưu đãi hay miễn giảm thuế
• Điểm mới: Điều 6 Thông tư 94/2026/TT-BTC yêu cầu thu thập bổ sung các nguồn dữ liệu chuyên sâu gồm: thông tin về quan hệ góp vốn, quan hệ liên kết và kết quả kiểm toán, điều tra [cite: 1.1.5]. Đặc biệt, để bắt kịp xu hướng kinh tế số, hệ thống tiêu chí phụ lục đã bổ sung các dữ liệu đánh giá đối với thu nhập từ kinh doanh qua mạng và thu nhập trả qua ví điện tử quốc tế (như Paypal, Google, Youtube…)

Bổ sung biện pháp “Giám sát trọng điểm”

Một quy định hoàn toàn mới nhằm siết chặt quản lý là việc bổ sung chế định “Giám sát trọng điểm”. Cơ quan thuế sẽ áp dụng các biện pháp nghiệp vụ nhằm theo dõi, kiểm soát chặt chẽ hoạt động của doanh nghiệp có dấu hiệu rủi ro cao hoặc có dấu hiệu vi phạm pháp luật thuế trong một khoảng thời gian nhất định. Chẳng hạn, các đối tượng nợ thuế rủi ro cao hoặc người nộp thuế không chủ động giải trình có thể bị liệt vào diện giám sát trọng điểm.

So sánh Thông tư 94/2026/TT-BTC với Thông tư cũ (31/2021/TT-BTC)

Quản lý rủi ro thuế và Quy định về Hóa đơn điện tử

Việc vi phạm các quy định về hóa đơn điện tử là một trong những tiêu chí hàng đầu dẫn đến việc doanh nghiệp bị đánh giá rủi ro cao theo Thông tư 94/2026/TT-BTC. Tuy nhiên, mọi quy định chi tiết về vận hành, sử dụng hóa đơn điện tử hiện nay được áp dụng theo Nghị định 254/2026/NĐ-CP.

Trong thực tiễn vận hành doanh nghiệp, nhóm vi phạm dễ dẫn đến việc bị xếp vào “Mức 4: Không tuân thủ” và “Rủi ro cao” nhất là các vấn đề liên quan đến hóa đơn. Để đảm bảo không bị liệt vào danh sách giám sát trọng điểm của Thông tư 94/2026/TT-BTC, doanh nghiệp bắt buộc phải thực hiện chuẩn chỉ các nghiệp vụ hóa đơn, chi tiết được quy định tại: Nghị định số 254/2026/NĐ-CP về hóa đơn điện tử.

Việc xuất hóa đơn sai kỳ không chỉ gây thiệt hại về phạt vi phạm hành chính mà còn làm hạ bậc tuân thủ thuế của doanh nghiệp trên hệ thống. Để phòng tránh rủi ro này, kế toán cần thường xuyên đối chiếu nghiệp vụ phát sinh với Quy định về thời điểm xuất hóa đơn GTGT hiện hành.

Ngoài ra, Thông tư 94/2026/TT-BTC chỉ là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ đánh giá rủi ro. Các nền tảng cốt lõi về quyền lợi, nghĩa vụ của người nộp thuế cũng như trình tự thanh tra, kiểm tra gốc rễ vẫn phải dựa trên Nghị định 252/2026/NĐ-CP hướng dẫn Luật quản lý thuế. Doanh nghiệp cần nắm bắt đồng bộ các văn bản này để xây dựng bộ khung pháp lý, kế toán an toàn cho mình.

Tác động của Thông tư 94/2026/TT-BTC đến nghiệp vụ hóa đơn điện tử và hoàn thuế

Căn cứ Điều 20 Thông tư 94/2026/TT-BTC, doanh nghiệp bị phân loại vào nhóm rủi ro cao sẽ phải chịu các biện pháp kiểm soát nghiêm ngặt nhất đối với việc sử dụng hóa đơn điện tử:

• Từ chối đăng ký mới: Cơ quan thuế kiên quyết không chấp nhận hồ sơ đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử của doanh nghiệp.
• Ngừng sử dụng hóa đơn điện tử: Đối với các doanh nghiệp đang hoạt động, cơ quan thuế có thẩm quyền đình chỉ và yêu cầu ngừng sử dụng hóa đơn điện tử ngay lập tức.
• Giám sát trọng điểm: Áp dụng các biện pháp quản lý, rà soát hóa đơn đặc thù khác theo quy định để theo dõi chặt chẽ và ngăn chặn rủi ro gian lận thuế.

Quy trình “Hoàn thuế trước – Kiểm tra sau” hay “Kiểm tra trước – Hoàn thuế sau” được áp dụng thế nào?

Việc phân luồng hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng và các khoản thu khác được quyết định trực tiếp bởi thứ hạng rủi ro của người nộp thuế cũng như tính chất của từng hồ sơ:

• Đối với nhóm Rủi ro cao: Bắt buộc áp dụng quy trình Kiểm tra trước, hoàn thuế sau đối với mọi hồ sơ. Cơ quan thuế sẽ tiến hành kiểm tra chứng từ kỹ lưỡng trước khi ra quyết định hoàn tiền.
• Đối với nhóm Rủi ro trung bình và Rủi ro thấp:
  • Áp dụng “Hoàn thuế trước, kiểm tra sau”: Thực hiện hoàn thuế nhanh chóng nếu số thuế đề nghị hoàn trong hồ sơ chưa phát hiện bất kỳ dấu hiệu rủi ro nào.
  • Tạm dừng hoàn thuế: Ngay cả khi doanh nghiệp có hồ sơ tuân thủ tốt (rủi ro thấp/trung bình), nếu số tiền đề nghị hoàn cụ thể phát sinh dấu hiệu rủi ro, cơ quan thuế sẽ lập tức tạm dừng quy trình hoàn thuế để tiến hành thu thập thêm thông tin, rà soát và kiểm tra chi tiết.

Doanh nghiệp cần chuẩn bị gì trước ngày 01/7/2026?

Hệ thống hóa việc rà soát, đối chiếu dữ liệu hóa đơn

• Chủ động phát hiện chênh lệch: Cơ quan thuế hiện đã áp dụng AI và Big Data để tự động quét chênh lệch giữa tờ khai thuế giá trị gia tăng và hệ thống dữ liệu hóa đơn điện tử. Doanh nghiệp cần đối chiếu định kỳ (hàng tháng/quý) thay vì đợi đến cuối năm.
• Kiểm soát rủi ro đối tác: Thường xuyên tra cứu tình trạng hoạt động của nhà cung cấp trên hệ thống của Tổng cục Thuế để kịp thời phát hiện các hóa đơn đầu vào từ “doanh nghiệp bỏ trốn” hoặc tạm ngừng kinh doanh, từ đó có phương án giải trình sớm.

Chuẩn hóa quy trình kiểm soát nội bộ để bảo vệ hạng tuân thủ

• Phân nhiệm rõ ràng: Tách biệt rõ trách nhiệm giữa bộ phận mua hàng (người tiếp nhận dịch vụ/hàng hóa), bộ phận kế toán (người ghi nhận, kiểm tra hóa đơn) và bộ phận thanh toán.
• Tiêu chí đánh giá rủi ro: Hồ sơ tuân thủ thuế của doanh nghiệp (thấp, trung bình, cao) quyết định tần suất bị thanh tra, kiểm tra. Quy trình nội bộ cần có các chốt kiểm soát (check-point) bắt buộc trước khi chốt số liệu báo cáo, đảm bảo không có lỗi sai cơ bản về số học hay sai lệch thời điểm xuất hóa đơn.

Tận dụng dịch vụ tư vấn thuế/kế toán chuyên nghiệp

• Cập nhật kịp thời: Các nghị định, thông tư về thuế liên tục được sửa đổi và bổ sung. Chuyên gia tư vấn sẽ giúp doanh nghiệp cập nhật các ưu đãi thuế mới nhất cũng như các rủi ro vừa được cơ quan thuế đưa vào “tầm ngắm”.
• Tối ưu hóa chi phí hợp pháp: Thay vì chỉ xử lý sự cố, dịch vụ chuyên nghiệp giúp cấu trúc lại các khoản chi phí, hợp đồng thương mại và hồ sơ chứng từ ngay từ ban đầu để chi phí được tính hợp lệ, hợp lý nhất.

Khuyến nghị bổ sung: Nâng cấp phần mềm kế toán và công cụ hỗ trợ

• Bên cạnh các yếu tố về quy trình và con người, doanh nghiệp nên cân nhắc sử dụng các phần mềm kế toán có tích hợp tính năng tự động tải, đồng bộ và đối chiếu hóa đơn trực tiếp từ hệ thống của Tổng cục Thuế. Điều này giúp giảm thiểu tối đa sai sót do thao tác thủ công (human error) và tiết kiệm thời gian cho bộ phận tài chính.

Dịch vụ tư vấn thuế Luật Việt An – Đại lý thuế chuyên nghiệp, uy tín

Luật Việt An sẽ đồng hành thiết lập hệ thống kế toán – thuế chuẩn chỉnh ngay từ những bước đầu tiên:

• Tư vấn, đăng ký mã số thuế và hoàn thiện hồ sơ kê khai thuế ban đầu.

Đăng ký phương pháp tính thuế, khấu hao tài sản cố định.

• Hỗ trợ thông báo phát hành hóa đơn điện tử, đăng ký nộp thuế điện tử.
• Đăng ký tài khoản ngân hàng và giao dịch trực tuyến với cơ quan thuế

• Tư vấn thuế cho doanh nghiệp FDI: Gỡ rối các chính sách thuế đối với nhà đầu tư nước ngoài, tuân thủ quy định chuyển giá, giao dịch liên kết.
• Dịch vụ tính lương (Payroll): Xây dựng thang bảng lương, bảo hiểm xã hội kết hợp tính thuế TNCN.
• Dịch vụ hỗ trợ kiểm toán: Phối hợp rà soát báo cáo tài chính đối với các doanh nghiệp bắt buộc phải kiểm toán độc lập.

Để được tư vấn pháp lý chuyên sâu và sử dụng Dịch vụ tư vấn thuế chuyên nghiệp, an toàn, Quý khách hàng vui lòng liên hệ ngay với Công ty Luật Việt An qua:

• Hotline (Zalo/Viber): 0961 67 55 66 – 0933 11 33 66
• Email: luatsu@vietanlaw.com
• Văn phòng Hà Nội: Tầng 3, Tòa nhà Hoàng Ngân Plaza, số 125 Hoàng Ngân, Cầu Giấy, Hà Nội.
• Văn phòng TP.HCM: P. 2.26 – 2.27 Tòa nhà Charmington La Pointe, 181 Cao Thắng, Phường 12, Quận 10, TP. HCM.

Một số câu hỏi liên quan

Các cấp độ rủi ro trong nghiệp vụ quản lý thuế theo quy định mới gồm những gì?

Khung phân loại rủi ro được rút gọn còn 3 mức: Rủi ro cao, Rủi ro trung bình và Rủi ro thấp.

Thông tư 94/2026/TT-BTC có bổ sung tiêu chí gì đối với kinh tế số không?

Có. Văn bản mới bổ sung các tiêu chí bắt kịp xu hướng kinh tế số như thu nhập từ kinh doanh qua mạng, ví điện tử (Paypal, Google, Youtube,…).

Doanh nghiệp nợ thuế bị xếp vào nhóm rủi ro cao sẽ chịu bất lợi gì?

Người nộp thuế nợ thuế rủi ro cao sẽ bị tăng cường theo dõi, xem xét tạm hoãn xuất cảnh, công khai thông tin nợ thuế và kiểm soát chặt chẽ hơn trong các khâu hoàn thuế/đăng ký thuế.

Đối với nhóm có rủi ro về hóa đơn ở mức “Trung bình” và “Thấp”, cơ quan thuế quản lý ra sao?

Cơ quan thuế không áp dụng ngừng sử dụng hóa đơn ngay mà thực hiện chọn mẫu để rà soát, kiểm tra. Đồng thời, cơ quan sẽ tăng cường theo dõi, phân tích dữ liệu hóa đơn tự động nhằm ngăn ngừa rủi ro phát sinh và hỗ trợ người nộp thuế tuân thủ.