Thông tư 91/2026/TT-BTC hướng dẫn Luật Quản lý thuế và Nghị định 254/2026/NĐ-CP về hóa đơn điện tử, chứng từ điện tử, có hiệu lực từ ngày 01/7/2026. Thông tư tập trung hướng dẫn cách thực hiện các quy định về đăng ký, sử dụng, xử lý sai sót và quản lý hóa đơn điện tử trên thực tế. Bên cạnh đó, Thông tư 89/2026/TT-BTC hướng dẫn Luật Quản lý thuế và Nghị định 252/2026/NĐ-CP cũng được áp dụng từ thời điểm này, đặt ra một số yêu cầu mới doanh nghiệp cần lưu ý. Bài viết dưới đây, Luật Việt An sẽ giúp quý khách hiểu hơn về chủ đề này.
Nội dung chung về thông tư 91/2026/TT-BTC hướng dẫn Luật Quản lý thuế và nghị định 254/2026/NĐ-CP về hóa đơn điện tử, chứng từ điện tử
- Thông tư 91/2026/TT-BTC được Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành ngày 30/6/2026 và có hiệu lực thi hành từ ngày 01/7/2026. Thông tư gồm 05 chương, 25 điều và 05 phụ lục, tập trung hướng dẫn các vấn đề thực hiện liên quan đến hóa đơn điện tử, chứng từ điện tử, tra cứu và sử dụng thông tin hóa đơn điện tử.
- Nghị định 254/2026/NĐ-CP được Chính phủ ban hành ngày 30/06/2026, chính thức có hiệu lực từ ngày 01/07/2026, quy định chi tiết một số điều và biện pháp thi hành Luật Quản lý thuế về hóa đơn điện tử và chứng từ điện tử. Nghị định điều chỉnh và cập nhật nhiều quy định quan trọng nhằm nâng cao hiệu quả quản lý thuế trong bối cảnh chuyển đổi số.
Ký hiệu mẫu và ký hiệu hóa đơn điện từ từ ngày 01/07/2026
Một trong những nội dung doanh nghiệp cần cập nhật ngay khi chuyển sang áp dụng hệ thống mới là ký hiệu mẫu và ký hiệu hóa đơn điện tử.
Theo Phụ lục I Thông tư 91/2026/TT-BTC, ký hiệu mẫu hóa đơn điện tử được thể hiện bằng một chữ số từ 1 đến 9 để phản ánh loại hóa đơn. Trong đó:
| Ký hiệu mẫu | Loại hóa đơn |
| 1 | Hóa đơn giá trị gia tăng |
| 2 | Hóa đơn bán hàng |
| 3 | Hóa đơn bán tài sản công |
| 4 | Hóa đơn bán hàng dự trữ quốc gia |
| 5 | Các loại hóa đơn điện tử khác như tem, vé, thẻ, phiếu thu điện tử |
| 6 | Phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội bộ, phiếu xuất kho hàng gửi bán đại lý |
| 7 | Hóa đơn thương mại điện tử |
| 8 | Hóa đơn GTGT tích hợp biên lai thu thuế, phí, lệ phí |
| 9 | Hóa đơn bán hàng tích hợp biên lai thu thuế, phí, lệ phí |
Đáng chú ý, ký hiệu hóa đơn điện tử gồm 06 ký tự, phản ánh tình trạng có mã hoặc không có mã, năm lập hóa đơn và loại hóa đơn.
Ví dụ, ký hiệu 1C26TAA được hiểu là hóa đơn GTGT có mã của cơ quan thuế, lập năm 2026 và thuộc loại hóa đơn do doanh nghiệp đăng ký sử dụng. Ký hiệu 1K26TYY thể hiện hóa đơn GTGT không có mã của cơ quan thuế được lập năm 2026.
Doanh nghiệp cần cập nhật phần mềm lập hóa đơn và hệ thống quản lý nội bộ để bảo đảm ký hiệu được tạo đúng theo quy định mới.
Đối với thời điểm xuất hóa đơn, doanh nghiệp thực hiện theo quy định của Nghị định 254/2026/NĐ-CP. Để tìm hiểu chi tiết quý khách có thể tham khảo bài viết: https://luatvietan.vn/quy-dinh-ve-thoi-diem-xuat-hoa-don-vat.html
Đăng ký và thay đổi thông tin sử dụng hóa đơn điện tử
Thông tư 91/2026/TT-BTC hướng dẫn cụ thể cách thực hiện đăng ký, thay đổi nội dung đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử.
Theo đó, tổ chức kinh tế, tổ chức khác, hộ kinh doanh và cá nhân kinh doanh thuộc diện sử dụng hóa đơn điện tử thực hiện đăng ký hoặc thay đổi thông tin đăng ký thông qua tổ chức cung cấp dịch vụ hóa đơn điện tử.
Đối với trường hợp sử dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế được miễn phí dịch vụ, việc đăng ký có thể được thực hiện thông qua Hệ thống thông tin quản lý thuế hoặc tổ chức cung cấp dịch vụ được Cục Thuế ủy thác.
Về thực tế, doanh nghiệp cần kiểm tra lại:
- Hình thức hóa đơn đang sử dụng;
- Loại hóa đơn đăng ký;
- Thông tin doanh nghiệp trên hệ thống;
- Phương thức truyền dữ liệu hóa đơn;
- Tình trạng kết nối giữa phần mềm hóa đơn và hệ thống quản lý thuế.
Việc thay đổi hệ thống phần mềm nhưng không cập nhật thông tin đăng ký có thể dẫn đến sai lệch trong quá trình phát hành và truyền dữ liệu hóa đơn.
Khi nào doanh nghiệp bị ngừng hoặc tạm ngừng sử dụng hóa đơn điện tử?
Thông tư 91/2026/TT-BTC quy định cụ thể các trường hợp ngừng, tạm ngừng sử dụng hóa đơn điện tử.
Một số trường hợp đáng chú ý gồm:
- Chấm dứt hiệu lực mã số thuế;
- Không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký;
- Tạm ngừng kinh doanh;
- Bị cưỡng chế nợ thuế bằng biện pháp ngừng sử dụng hóa đơn;
- Sử dụng hóa đơn để bán hàng nhập lậu, hàng cấm, hàng giả hoặc hàng hóa giả mạo về sở hữu trí tuệ;
- Lập hóa đơn nhằm bán khống hàng hóa, cung cấp dịch vụ để chiếm đoạt tiền;
- Vi phạm điều kiện kinh doanh dẫn đến yêu cầu tạm ngừng;
- Không còn đáp ứng điều kiện sử dụng hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền;
- Thông tin của hộ, cá nhân kinh doanh không khớp với cơ sở dữ liệu quốc gia về dân cư và không được bổ sung theo yêu cầu;
- Có hành vi trốn thuế hoặc sử dụng hóa đơn điện tử không hợp pháp;
- Thuộc trường hợp rủi ro cao về thuế, hóa đơn theo quy định quản lý rủi ro.
Đây là nội dung đặc biệt quan trọng đối với Doanh nghiệp, bởi việc bị ngừng sử dụng hóa đơn có thể ảnh hưởng trực tiếp đến hoạt động bán hàng, cung cấp dịch vụ và kê khai thuế.
Doanh nghiệp cần chủ động kiểm tra tình trạng mã số thuế, địa chỉ đăng ký, hoạt động kinh doanh và mức độ tuân thủ trước khi phát hành hóa đơn.
Quy định mới về ủy nhiệm lập hóa đơn điện tử
- Thông tư 91/2026/TT-BTC cho phép người bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ ủy nhiệm cho bên thứ ba đủ điều kiện lập hóa đơn điện tử.
- Việc ủy nhiệm phải được lập bằng văn bản, thông qua hợp đồng hoặc thỏa thuận giữa bên ủy nhiệm và bên nhận ủy nhiệm, trừ trường hợp đặc thù theo quy định.
- Đồng thời, việc ủy nhiệm phải được thông báo cho cơ quan thuế khi đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử.
- Hóa đơn do bên nhận ủy nhiệm lập phải thể hiện thông tin của cả bên ủy nhiệm và bên nhận ủy nhiệm. Hai bên cũng phải công khai thông tin về việc ủy nhiệm trên website, giao diện gian hàng, hệ thống nền tảng hoặc phương tiện thông tin đại chúng để người mua biết.
- Quy định này có ý nghĩa thực tế đối với doanh nghiệp sử dụng nền tảng bán hàng, đại lý hoặc mô hình có đơn vị khác trực tiếp thực hiện việc lập hóa đơn.
Các trường hợp không phải sử dụng hóa đơn điện tử từ 01/07/2026 được quy định tại Nghị định 254/2026/NĐ-CP
Tại Điều 7 Nghị định 254/2026/NĐ-CP quy định 08 trường hợp không phải sử dụng hóa đơn điện tử từ 01/7/2026 như sau:
- Hộ/cá nhân kinh doanh lập bảng kê
- Hộ/cá nhân kinh doanh có nguồn thu đặc thù
- Đại lý được khấu trừ thuế tại nguồn
- Hoạt động tài chính, bảo hiểm đặc thù
- Góp vốn bằng tài sản
- Điều chuyển tài sản nội bộ/Tái cấu trúc
- Mượn tài sản phục vụ gia công
- Tiêu dùng nội bộ và các khoản thu không liên quan đến bán hàng
Quý khách có thể tham khảo thêm tại bài viết Nghị định số 254.2026/ND-CP của Luật Việt An https://luatvietan.vn/nghi-dinh-so-254-2026-nd-cp-ve-hoa-don-dien-tu.html
Xử lý hóa đơn điện tử có sai sót từ ngày 01/07/2026
Thông tư 91/2026/TT-BTC hướng dẫn cách xử lý hóa đơn điện tử đã lập sai theo từng trường hợp, thay vì áp dụng một cách xử lý chung.
Về cơ bản, doanh nghiệp cần phân loại sai sót trước khi quyết định xử lý:
Trường hợp 1: Sai nhưng không ảnh hưởng đến các nội dung trọng yếu
Nếu hóa đơn sai về tên, địa chỉ, số tiền bằng chữ hoặc nội dung khác nhưng không sai mã số thuế, số tiền, thuế suất, tiền thuế hoặc hàng hóa thì người bán thông báo cho người mua và thực hiện thông báo với cơ quan thuế theo mẫu quy định; không phải lập lại hóa đơn.
Trường hợp 2: Sai mã số thuế, hàng hóa, số tiền, thuế suất, tiền thuế
- Người bán có thể lựa chọn lập hóa đơn điều chỉnh hoặc hóa đơn thay thế theo quy định.
- Đối với một số trường hợp đặc thù, Thông tư quy định phải sử dụng hóa đơn thay thế. Đáng chú ý là hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền hoặc hóa đơn bán hàng hóa là tài sản phải đăng ký quyền sở hữu, quyền sử dụng khi lập sai thì xử lý theo cơ chế hóa đơn thay thế.
- Ngoài ra, trong một số trường hợp, doanh nghiệp không bắt buộc lập văn bản thỏa thuận với người mua trước khi điều chỉnh hoặc thay thế, chẳng hạn hoạt động mua bán hàng hóa trên nền tảng thương mại điện tử, nền tảng số hoặc trường hợp chuyển dữ liệu theo bảng tổng hợp theo quy định.
- Đây là một trong những điểm mà bộ phận kế toán của doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý khi xử lý hóa đơn sai từ ngày 01/7/2026.
Chuyển đổi giữa hóa đơn điện tử có mã và không có mã
- Thông tư 91/2026/TT-BTC cũng hướng dẫn việc chuyển đổi hình thức sử dụng hóa đơn.
- Doanh nghiệp đang sử dụng hóa đơn điện tử không có mã của cơ quan thuế nhưng có nhu cầu chuyển sang hóa đơn điện tử có mã thì thực hiện thay đổi thông tin đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử theo quy định.
- Ngược lại, trường hợp doanh nghiệp thuộc diện sử dụng hóa đơn không có mã nhưng được cơ quan thuế xác định thuộc nhóm rủi ro cao về thuế thì có thể được yêu cầu chuyển sang sử dụng hóa đơn điện tử có mã.
- Do đó, doanh nghiệp không nên chỉ căn cứ vào hình thức hóa đơn đang sử dụng trước ngày 01/7/2026 mà cần thường xuyên kiểm tra điều kiện và trạng thái tuân thủ để xác định hình thức hóa đơn phù hợp.
Những điểm cần lưu ý khi áp dụng Thông tư 89/2029/TT-BTC
Bên cạnh hóa đơn điện tử, Thông tư 89/2026/TT-BTC có ý nghĩa trực tiếp đối với hoạt động Thuế, Kế toán & Lương của doanh nghiệp.
Thông tư có hiệu lực từ ngày 01/7/2026, hướng dẫn nhiều nội dung thực hiện Luật Quản lý thuế và Nghị định 252/2026/NĐ-CP, trong đó tập trung vào giao dịch điện tử, khai thuế, tính và phân bổ thuế, nộp thuế, hoàn thuế, miễn giảm thuế, xử lý tiền thuế và kiểm tra thuế.
Thay đổi bộ hồ sơ và mẫu biểu khai thuế
Thông tư 89/2026/TT-BTC ban hành hệ thống phụ lục mới về hồ sơ và biểu mẫu quản lý thuế, bao gồm:
- Phụ lục I: Danh mục hồ sơ khai thuế;
- Phụ lục II: Cách thức khai bổ sung hồ sơ khai thuế;
- Phụ lục III: Danh mục biểu mẫu thủ tục quản lý thuế;
- Phụ lục IV: Danh mục biểu mẫu của cơ quan thuế;
- Phụ lục V: Danh mục thông báo của cơ quan quản lý thuế.
Do đó, kế toán doanh nghiệp cần cập nhật phần mềm kê khai và bộ biểu mẫu đang sử dụng thay vì tiếp tục sử dụng máy móc các mẫu trước ngày 01/7/2026.
Hồ sơ khai thuế có kỳ tính thuế trước ngày 01/7/2026
Đây là điểm chuyển tiếp cần đặc biệt lưu ý.
Đối với hồ sơ khai thuế có kỳ tính thuế trước ngày 01/7/2026, người nộp thuế tiếp tục sử dụng mẫu biểu áp dụng trước thời điểm Thông tư 89/2026/TT-BTC có hiệu lực. Các quyết định, thông báo của cơ quan thuế đã ban hành trước ngày 01/7/2026 tiếp tục được thực hiện cho đến khi hết thời hạn hoặc hết hiệu lực.
Như vậy, không phải toàn bộ hồ sơ thuế phát sinh trong năm 2026 đều phải chuyển sang biểu mẫu mới từ ngày 01/7/2026.
Hồ sơ hoàn thuế, miễn thuế, giảm thuế đang xử lý
Đối với hồ sơ hoàn thuế, miễn thuế, giảm thuế hoặc xóa tiền thuế nợ đã được tiếp nhận trước ngày 01/7/2026 nhưng chưa giải quyết xong, cơ quan có thẩm quyền về cơ bản tiếp tục thực hiện theo trình tự, thủ tục áp dụng trước thời điểm Thông tư 89/2026/TT-BTC có hiệu lực, trừ các trường hợp chuyển tiếp được quy định riêng.
Quy định này giúp tránh tình trạng hồ sơ đang xử lý phải thay đổi toàn bộ quy trình chỉ vì hệ thống pháp luật mới bắt đầu có hiệu lực.
Các câu hỏi thường gặp
Từ ngày 01/7/2026, doanh nghiệp đang sử dụng hóa đơn điện tử có phải đăng ký lại theo Thông tư 91/2026/TT-BTC không?
Từ ngày 01/7/2026, doanh nghiệp đang sử dụng hóa đơn điện tử hợp pháp không bắt buộc phải làm thủ tục đăng ký lại từ đầu, trừ khi có thay đổi thông tin hoặc thuộc diện phải cập nhật, bổ sung theo yêu cầu quản lý mới của Thông tư 91/2026/TT-BTC và Nghị định 254/2026/NĐ-CP.
Hóa đơn điện tử lập sai sau ngày 01/7/2026: khi nào được điều chỉnh, khi nào bắt buộc phải lập hóa đơn thay thế?
Tùy vào nội dung sai sót và loại hóa đơn, doanh nghiệp có thể thông báo sai sót, lập hóa đơn điều chỉnh hoặc lập hóa đơn thay thế. Một số trường hợp đặc thù được Thông tư 91/2026/TT-BTC quy định phải xử lý bằng hóa đơn thay thế. Do đó, doanh nghiệp cần xác định chính xác lỗi trước khi lựa chọn phương án xử lý, tránh tự ý hủy hoặc lập lại hóa đơn không đúng quy định.
Doanh nghiệp khai thuế theo mẫu cũ sau ngày 01/7/2026 có bị xem là khai sai và bị xử phạt không?
Không thể chỉ căn cứ vào ngày nộp hồ sơ để kết luận doanh nghiệp sử dụng mẫu cũ là sai. Cần xác định kỳ tính thuế của hồ sơ. Đối với hồ sơ khai thuế có kỳ tính thuế trước ngày 01/7/2026, quy định chuyển tiếp cho phép tiếp tục sử dụng mẫu biểu áp dụng trước thời điểm Thông tư 89/2026/TT-BTC có hiệu lực. Với hồ sơ thuộc kỳ tính thuế áp dụng quy định mới, doanh nghiệp phải sử dụng đúng mẫu biểu tương ứng.
Hồ sơ khai thuế có kỳ tính thuế trước ngày 01/7/2026 dùng mẫu nào?
Hồ sơ có kỳ tính thuế trước ngày 01/7/2026 tiếp tục sử dụng mẫu biểu áp dụng trước khi Thông tư 89/2026/TT-BTC có hiệu lực, theo quy định chuyển tiếp.
Doanh nghiệp có nên sử dụng dịch vụ của Luật Việt An khi cập nhật quy định thuế và hóa đơn điện tử?
Nếu doanh nghiệp có nhiều loại hóa đơn, sử dụng nền tảng bán hàng, ủy nhiệm lập hóa đơn hoặc phát sinh thường xuyên các trường hợp điều chỉnh, thay thế hóa đơn, việc sử dụng dịch vụ tư vấn chuyên môn có thể giúp rà soát quy trình, hạn chế sai sót và bảo đảm tuân thủ các quy định mới.
Dịch vụ Thuế, Kế toán & Lương của Luật Việt An
- Việc thay đổi đồng thời quy định về quản lý thuế, hóa đơn điện tử và chứng từ điện tử khiến doanh nghiệp không chỉ cần cập nhật văn bản mà còn phải điều chỉnh quy trình thực hiện trên thực tế.
- Luật Việt An cung cấp các dịch vụ thuộc lĩnh vực Thuế, Kế toán & Lương, hỗ trợ doanh nghiệp rà soát nghĩa vụ thuế, hồ sơ khai thuế, quy trình hóa đơn điện tử và các vấn đề tuân thủ phát sinh trong quá trình hoạt động.
- Doanh nghiệp có thể liên hệ Luật Việt An để được tư vấn cách áp dụng Thông tư 89/2026/TT-BTC, Thông tư 91/2026/TT-BTC phù hợp với mô hình hoạt động, hệ thống kế toán và phương thức sử dụng hóa đơn thực tế.
Quý khách hàng muốn tư vấn chi tiết hơn về nội dung trên vui lòng liên hệ Công ty luật Việt An để được hỗ trợ tốt nhất!
