Thủ tục áp dụng ưu đãi đầu tư có sự khác biệt đối với dự án thuộc diện và không thuộc diện cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc quyết định chủ trương đầu tư. Tùy thuộc vào tính chất của dự án đầu tư mà chủ đầu tư có thể căn cứ để xác định thủ tục áp dụng ưu đãi đầu tư như sau:
Đối với dự án đầu tư thuộc diện cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc quyết định chủ trương đầu tư.
Nhà đầu tư căn cứ nội dung ưu đãi đầu tư quy định tại Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc văn bản quyết định chủ trương đầu tư để hưởng ưu đãi đầu tư. Căn cứ áp dụng ưu đãi đầu tư đối với doanh nghiệp khoa học và công nghệ là Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ.
Ưu đãi đầu tư ghi tại Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, văn bản quyết định chủ trương đầu tư gồm những nội dung sau đây:
Đối tượng và điều kiện hưởng ưu đãi đầu tư theo quy định tại Điều 16 Nghị định này;
Căn cứ áp dụng ưu đãi đầu tư theo quy định của pháp luật về thuế và pháp luật về đất đai.
Đối với dự án đầu tư không thuộc trường hợp cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư
Nhà đầu tư được hưởng ưu đãi đầu tư nếu đáp ứng các điều kiện hưởng ưu đãi đầu tư mà không phải thực hiện thủ tục cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư. Trong trường hợp này, nhà đầu tư căn cứ điều kiện hưởng ưu đãi đầu tư để tự xác định ưu đãi đầu tư và thực hiện thủ tục hưởng ưu đãi đầu tư tại cơ quan thuế, cơ quan tài chính và cơ quan hải quan tương ứng với từng loại ưu đãi đầu tư
Điều chỉnh ưu đãi đầu tư
Ưu đãi đầu tư được điều chỉnh trong các trường hợp sau:
Trường hợp dự án đầu tư đáp ứng điều kiện để được hưởng thêm ưu đãi đầu tư thì nhà đầu tư được hưởng ưu đãi đầu tư đó cho thời gian ưu đãi còn lại;
Nhà đầu tư không được hưởng ưu đãi theo quy định tại Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, văn bản quyết định chủ trương đầu tư trong trường hợp dự án đầu tư không đáp ứng điều kiện hưởng ưu đãi đầu tư quy định tại Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, quyết định chủ trương đầu tư. Trường hợp dự án đầu tư đáp ứng điều kiện hưởng ưu đãi đầu tư khác thì nhà đầu tư được hưởng ưu đãi theo điều kiện đó;
Trường hợp dự án đầu tư có thời gian không đáp ứng điều kiện hưởng ưu đãi đầu tư thì nhà đầu tư không được hưởng ưu đãi đầu tư cho thời gian không đáp ứng điều kiện hưởng ưu đãi đầu tư.
Lưu ý: Tổ chức kinh tế mới thành lập hoặc thực hiện dự án đầu tư từ việc chuyển đổi loại hình tổ chức kinh tế, chuyển đổi sở hữu, chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển nhượng dự án đầu tư được kế thừa các ưu đãi đầu tư của dự án đầu tư trước khi chuyển đổi, chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển nhượng.