Theo quy định của pháp luật hiện hành thì doanh nghiệp bị thu hồi Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp trong các trường hợp sau đây:
Nội dung kê khai trong hồ sơ đăng ký doanh nghiệp là giả mạo;
Doanh nghiệp do những người bị cấm thành lập doanh nghiệp;
Doanh nghiệp ngừng hoạt động kinh doanh 01 năm mà không thông báo với Cơ quan đăng ký kinh doanh và cơ quan thuế;
Doanh nghiệp không gửi báo cáo theo quy định đến Cơ quan đăng ký kinh doanh trong thời hạn 06 tháng, kể từ ngày hết hạn gửi báo cáo hoặc có yêu cầu bằng văn bản;
Trường hợp khác theo quyết định của Tòa án.
Trong trường hợp bị áp dụng biện pháp cưỡng chế thi hành quyết định hành chính thuế bằng việc thu hồi giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp.
Sau khi nhận được quyết định thu hồi Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp, doanh nghiệp thực hiện thủ tục giải thể theo quy định. Tuy nhiên, trong nhiều trường hợp, doanh nghiệp được khôi phục lại tình trạng pháp lý khi Phòng đăng ký kinh doanh ra quyết định hủy bỏ quyết định thu hổi Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp. Theo Điều 64 Nghị định 78/2015/NĐ-CP thì Phòng đăng ký kinh doanh hủy bỏ quyết định thu hồi khi:
Phòng Đăng ký kinh doanh xác định doanh nghiệp không thuộc trường hợp phải thu hồi Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp.
Phòng Đăng ký kinh doanh nhận được văn bản của cơ quan quản lý thuế đề nghị khôi phục tình trạng pháp lý của doanh nghiệp sau khi bị thu hồi Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp trước khi Phòng Đăng ký kinh doanh cập nhật tình trạng pháp lý đã giải thể của doanh nghiệp trên Hệ thống thông tin quốc gia về đăng ký doanh nghiệp hoặc trong thời hạn 06 tháng kể từ ngày Phòng Đăng ký kinh doanh ra quyết định thu hồi Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp.
Trong thời hạn 02 ngày làm việc, kể từ ngày ra quyết định hủy bỏ Quyết định thu hồi Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp, thông báo về việc khôi phục tình trạng pháp lý của doanh nghiệp trong Cơ sở dữ liệu quốc gia về đăng ký doanh nghiệp, Phòng Đăng ký kinh doanh đăng tải thông tin trên Cổng thông tin quốc gia về đăng ký doanh nghiệp.
Lưu ý: Đối với việc khôi phục tình trạng pháp lý của doanh nghiệp khi phòng Đăng ký kinh doanh nhận được văn bản của cơ quan quản lý thuế chỉ thực hiện trong thời hạn 180 ngày kể từ ngày Phòng Đăng ký kinh doanh ra quyết định thu hồi Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp và doanh nghiệp chưa chuyển sang tình trạng pháp lý đã giải thể trong Cơ sở dữ liệu quốc gia về đăng ký doanh nghiệp.
Trong thời hạn 02 ngày làm việc kể từ thời điểm doanh nghiệp được khôi phục tình trạng pháp lý trong Cơ sở dữ liệu quốc gia về đăng ký doanh nghiệp, Phòng Đăng ký kinh doanh thông báo cho cơ quan thuế và doanh nghiệp về việc khôi phục tình trạng pháp lý của doanh nghiệp.